书吏，乃中央与地方衙门中专门负责文书处理与档案收存的独特群体。他们大多是由落第的知识分子构成，虽无官职之名，却实际行使着部分官员的职权。在帝晚年，政治氛围宽松，事务省俭，实行无为而治。这也使得许多官僚腐化堕落，依赖幕友和书吏处理政务，导致吏治败坏。各衙门的书吏队伍中，存在人数众多但素质低下、行为不端的问题，甚至有人夹带私货、诬告、贿赂行文。（章学诚《文史通义》）对于这种情况，帝深感痛心，指出书吏队伍中的腐败情弊已经严重妨碍了国家的行政运作。
在雍正帝即位后，他对部院衙门的书吏进行了全面的清理和整肃。他了解到中央部院的书吏向地方公开索要各种小费的俗称“部费”，上下皆知且公然行之。以兵部为例，陕西兴汉镇的兵丁每年都要凑银300两作为到部办事之用。雍正帝对此深感不满，于是在雍正八年三月颁布谕令，严禁此类行为，要求各省营伍若有此类陋规即刻禁止。他对刑部衙门书吏的勒索舞弊问题也进行了严厉打击。
刑部衙门负责处理刑事案件，关乎人命。奸滑的书吏却借此操纵事务，暗地招摇。他们收取好处费后，则援引轻例；未收到好处费的，则欺隐蒙混。为解决这一问题，雍正帝规定嗣后三法司会议案件需公开透明，知会画题衙门公同刷卷，防止书吏上下其手。他还严禁书吏不得借端需索、不得舞文弄弊、不得增删案卷，切实规范了书吏的行为。
雍正帝还从制度层面进行了改革。他要求各部院衙门司官交接案卷时，必须在案卷封面注明姓名，并用司印封存。同时设立印簿，记录用印的年月、数目和司官姓名，防止书吏盗取文移、更改字迹。他还禁止书吏馈送，防止他们以忠诚和信用的假象来讨得本官的欢心。这些措施从制度上严格约束了管理档案的书吏的行为。雍正帝的这些改革措施有力地整顿了书吏队伍中的腐败问题，提高了行政效率。雍正皇帝对于中央机关的书吏管理采取了严格的措施。他深刻地认识到，部院事务常常被司官书吏所蒙蔽，堂官往往因此难以全面了解和掌握实际情况。为了杜绝这种现象，他严禁各部院司官书吏向堂官馈赠送礼，以避免因收受礼物而产生的不公正行为，确保官员们能够公正地履行职务。
雍正皇帝明白，书吏为了谋取私利，常常向堂官送礼以谋求职位晋升。他坚决地指出，即使礼物价值不高，一旦堂官收受，就会在举劾之际产生瞻徇牵制的心理，影响公正。对于那些表现良好的官员，如果曾经收受礼物，即使他们原本公正无私，也会因此受到质疑；而对于那些表现不佳的官员，由于平日受到礼物的影响，可能会因为情面难却而容留或滥行举荐，从而贻误公事。雍正帝明令禁止部院堂官收受司官书吏的馈送。
除此之外，雍正帝还注意到书吏长期任职的问题。长期在衙门内工作的书吏容易结下关系网，徇私作弊。为了打破这一现象，他规定部院衙门的书吏必须五年一换，期满不得再留。有些书吏在任职期满后，为了继续作弊，会改换姓名，窜入别的部门。有的则留在京城，呼朋引类，遇事生风，影射撞骗。
针对这一情况，雍正帝再次颁发谕旨，大力查拿这类书吏。他命令都察院饬五城坊官严查访缉，对潜匿京师及附京州县的书吏，地方官要承担失察的责任。严禁缺主、挂名、冒籍、顶替之徒混充官衙书吏。通过这些措施，雍正帝成功地整顿了中央机关的书吏队伍，奸徒逐渐收敛，部务得以整齐。
雍正帝登基后，为了持续整顿书吏队伍，保持中央机关的清明和高效运作，特地重申并沿用了其父的这套管束书吏的办法。他的这些措施不仅改善了官场风气，也提高了的工作效率，为清朝的繁荣稳定做出了重要贡献。这些举措体现了雍正帝对官员廉洁奉公的高度要求，以及对中央机关正常运作的深切关注。
